Удалите float, position и top из правил CSS для # column1, # column2 и # column3. Div (и абзацы) являются элементами уровня блока и по умолчанию будут располагаться вертикально.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Хорошо, я думаю, что я вижу, в чем ваша проблема сейчас ... с помощью CSS вы разместили - вместо использования цвета фона для обозначения границы, измените # column1, # column2 и # column3 div для использования границы и удаления отступов. Также добавьте ясно: слева:
#column1 {float: left; position: relative; width: 200px; border: 3px solid gray ; top: 10px;margin: 1px; clear:left; }
#column2 {float: left; position: relative; width: 200px; border: 3px solid orange; top:50px;margin: 1px; clear:left; }
#column3 {float: left; position: relative; width: 200px; border: 3px solid gray; top: 100px;margin: 1px; clear:left; }