Я использовал команду gitlab-rake gitlab:import:repos для восстановления всех репозиториев, которые работали без проблем.Ссылка: https://docs.gitlab.com/ee/raketasks/import.html
Старый сервер (установка источника)
tar -cvzf repositories_27-3-2019.tar.gz -C /home/git/ ./repositories
scp repositories_27-3-2019.tar.gz sijo@10.10.10.178:/home/sijo
Новый сервер (установка омнибуса)
tar -xvf repositories_27-3-2019.tar.gz -C /var/opt/gitlab/git-data/
chown -R git:git /var/opt/gitlab/git-data/repositories_27-3-2019/
gitlab-rake gitlab:import:repos['/var/opt/gitlab/git-data/repositories_27-3-2019']
Примечание. Только репозитории будут восстановлены с использованиемэта команда.