Обычно при запуске XSLT в браузере код XSLT сначала выполняется для генерации HTML-страницы, и только когда генерируется HTML-страница, выполняются сценарии JS на этой странице. К тому времени уже слишком поздно менять XSLT (он уже выполнен).
Возможно, если вы объясните, чего вы на самом деле пытаетесь достичь, мы можем предложить альтернативный подход.
Возможно, вы захотите взглянуть на Saxon-JS, который обеспечивает более динамичный способ использования XSLT в браузере, с большей возможностью совместной работы кода XSLT и Javascript.