когда все значения равны 0 на графике, и у меня нет максимального значения оси, я получаю пустое пространство вместо баров
Вам нужно увеличить gridZIndex свойство для yAxis:
gridZIndex
yAxis
yAxis: { gridZIndex: 4, ... }
Демонстрационная версия: https://jsfiddle.net/BlackLabel/0e89puxL/
API Reference: https://api.highcharts.com/highcharts/series.column.minPointLength
линия сетки перекрывает полосу, когда мы добавляем z-index