(Предполагая, что вы являетесь "владельцем" вашей функциональной ветви, как во многих рабочих процессах.)
# start from your feature branch
git checkout <feature-branch>
# undo last commit but keep changes in the working tree (and index)
git reset --soft HEAD^
# get your unwanted folder out of the index
git reset HEAD -- path/to/folder
# redo your commit, this time without the folder
git commit -m "Useful message"
# push to the remote to replace the old ref, thus needing --force
git push -f origin HEAD
На этом этапе пульту просто потребуется обновить страницу(чтобы обновить ваш запрос на извлечение новой ссылкой на ветку), и вы настроите слияние своей ветви, на этот раз без «плохой» папки.