Дайте идентификатор в вашем макете, как это
<LinearLayout
android:layout_width="match_parent"
android:layout_height="wrap_content"
android:layout_marginBottom="@dimen/spacing_normal"
android:divider="?android:dividerHorizontal"
android:orientation="vertical"
android:showDividers="beginning">
<include
android:id="@+id/vCb1"
layout="@layout/time_picker" />
<include
android:id="@+id/vCb2"
layout="@layout/time_picker" />
</LinearLayout>
Теперь создайте объект, подобный этому
View vCb1 = findViewById(R.id.vCb1);
View vCb2 = findViewById(R.id.vCb2);
CheckBox cb1 = vCb1.findViewById(R.id.picker);
CheckBox cb2 = vCb2.findViewById(R.id.picker);
Также поместите эту строку в AndroidManifest в теге
android:configChanges="orientation"