Я видел это время от времени с версией VS2008, которую я использую. Я проверил и обнаружил, что он пытается получить доступ к некоторым общим дискам, для которых у него недостаточно прав, и это, похоже, задерживает загрузку системы.
Кроме того, и, возможно, не связано, когда эта конкретная версия VS загружается и остается загруженной в течение длительного времени, компиляция становится все медленнее и медленнее. Выход из него и повторная загрузка делает компиляцию намного быстрее.