Если вы не можете найти способ для phpMyAdmin сгенерировать экспортированный файл правильного формата, вам придется отредактировать полученный экспортированный файл, чтобы сделать его совместимым с MS SQL. Возможно, вам придется использовать регулярные выражения, например, для замены типов данных ENUM.
Если вы обнаружите, что вам приходится часто экспортировать данные, вы можете обнаружить, что написание сценария обработки короткого текста, который вы можете повторно запускать при необходимости, сэкономит ваше время.
Да, и позаботьтесь о том, чтобы ваш текстовый редактор или ваш любимый язык сценариев могли правильно обрабатывать кодировку символов файла, созданного phpMyAdmin.