Если вы хотите использовать Markdown и в редакторе WYSIWYG, вы можете использовать что-то вроде WMD Editor , что (я уверен на 99%) - это то, что используется здесь, в StackOverflow.
Преимущество использования чего-то подобного заключается в том, что ваши пользователи, не являющиеся техническими специалистами, получают свой редактор WYSIWYG, ваши технические пользователи получают любовь к Markdown, а вы получаете чистую разметку. Другой дополнительный побочный эффект заключается в том, что он может научить конечных пользователей использовать Markdown (или, по крайней мере, в идеальном мире ...)
Редактор WMD также имеет мгновенный предварительный просмотр (который вы можете видеть при написании сообщений в StackOverflow), который покажет пользователям, как изменение Markdown изменяет внешний вид их текста.