почему вы используете nl2br, если это в командной строке?
nl2br выводит <br />
теги для новых строк ... которые не имеют значения в командной строке
Редактировать
Две вещи:
1 попробуй
system('cd /var/www/upload/files; clamscan --remove=yes '.$furl, $scanme);
2 Возможно, вы захотите использовать функцию exec вместо system
* * 1 022, например,
exec('cd /var/www/upload/files; clamscan --remove=yes '.$furl, $scanme);
$scanme = implode("\n",$scanme);
exec (строка $ command [, массив & $ output [, int & $ return_var]])