Я полагаю, вы локально клонировали репозиторий, т.е. вы сделали git clone git@gitlab.com:sume-user/some-repo.git
Тогда вам просто нужно переместить эти файлы, зафиксировать и отправить эти изменения
git mv old/path new/path
git commit -m "Some commit message"
git push
git mv old/path new/path
это просто краткая форма для
mv old/path new/path
git add new/path
git rm old/path
или, если у вас нет других изменений локально
mv old/path new/path
git add .