Сложно отлаживать приложение через Stackoverflow, но есть много причин, по которым приложение для iPhone работает намного медленнее: ваши Mac-приложения работают, вероятно, на самых последних процессорах с тоннами памяти, а для iPhone оно очень ограничено (по слухам, 3GS) иметь 600 МГц процессор с 256 МБ ОЗУ). Кроме того, приложения Mac немного более щадящие, когда дело доходит до использования памяти; Что касается iPhone, важно создавать только те объекты, которые вам нужны, когда они вам нужны, и освобождать их, когда вы больше не используете их. Задержка отмены выделения объекта также приводит к некоторому замедлению.
Я рекомендую использовать инструмент профилирования производительности Instruments, который поставляется вместе с XCode и инструментами разработчика. Это даст хорошие советы о том, что узкие места.