Что бы это ни стоило, у меня точно такая же проблема.Файл EDMX обновляется, как и ожидалось, но дополнительные поля не добавляются в сгенерированный класс ...
Повторное открытие проекта в VS 2017 работает, предполагая, что что-то изменилось внутри самой VS.