Поскольку будет переписан весь SHA1 для текущего проекта и нового, самый безопасный способ действий будет:
- создать 2 новых проекта
- подтолкнуть 2 локальных проекта к новым проектам GitHub
- предупредить всех, кто уже разбудил ваш текущий проект GitHub
- удалить текущий проект GitHub.
Перейти на домашнюю страницу хранилища → Админ → Удалить это хранилище
(примечание: удаление частного репо удалит все форки репо. Удаление открытого репо не будет.)