Если конфигурации различаются из-за потребностей вашего приложения, я бы сказал, что редактирование server.xml - неправильный путь для этого.
Лучшим решением будет иметь context.xml для вашего приложения в META-INF. Держите вещи, которые являются специфическими для вашего приложения, изолированными от сервера. Вы не будете таким образом влиять на другие приложения, и вы не всегда можете рассчитывать на возможность изменения конфигурации сервера, если вы находитесь в общей среде.