Проблема в том, что j и i будут выходить за границы массива.
Индексы массива варьируются от 0 до длины - 1.
Итак, в вашем цикле for(var j = i; j <= myArray.length; j++)
Последняя итерация не удастся, так как вы будете пытаться ссылаться за пределы массива.
Аналогично с for(var i = 0; i <= myArray.length; i++)
.
Вы должны проверить, что i (или j) меньше длины массива:
for(var i = 0; i < myArray.length; i++)
{
for(var j = i; j < myArray.length; j++)
{
if(i != j && myArray[i].CustomNumber == myArray[j].CustomNumber)
{
return true;
}
}
}