Jacoco реализован на Java и обычно запускается из Maven, Ant или Jenkins, которые также реализованы на Java. Java работает как в Windows, так и в Linux, поэтому проблем с запуском Jacoco в Linux не должно быть.
У вас могут возникнуть проблемы с запуском сборки, скажем, в Maven, если ваше определение pom-файла содержит определенные пути и настройки Windows. Это может привести к сбою процесса сборки, а не к запуску Jacoco. Если вам удастся получить успешную сборку в Linux, то и Jacoco легко запустится.