Во время выполнения скрипта я получаю следующую ошибку.
/usr/lib64/python2.7/site-packages/scipy/__init__.py:110: UserWarning: Numpy 1.8.2 or above is recommended for this version of scipy (detected version 1.7.1)
UserWarning)
RuntimeError: module compiled against API version 9 but this version of numpy is 7
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/hicCorrectMatrix", line 4, in <module>
from hicexplorer.hicCorrectMatrix import main
File "/usr/lib/python2.7/site-packages/hicexplorer/hicCorrectMatrix.py", line 3, in <module>
from scipy.sparse import lil_matrix
File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/scipy/sparse/__init__.py", line 229, in <module>
from .csr import *
File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/scipy/sparse/csr.py", line 15, in <module>
from ._sparsetools import csr_tocsc, csr_tobsr, csr_count_blocks, \
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import
Я запускаю hicCorrectMatrix из hicexplorer.
Программа была установлена как:
/opt/miniconda2/bin/conda install hicexplorer -c bioconda -c conda-forge
Кажется, это проблема, связанная с путями.
I have two versions of numpy.
python2 -c 'import numpy; print (numpy.version.version)'
1.7.1
python3 -c 'import numpy; print (numpy.version.version)'
1.16.2
Каким-то образом программа ищет numpy версию 1.7.1 вместо 1.16.2.
whereis numpy
numpy: /usr/include/numpy
Однако, если я хочуЧтобы обновить NumPy, я в конечном итоге как.
pip install numpy --upgrade
Requirement already up-to-date: numpy in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (1.16.2)
pip3 install numpy --upgrade
Requirement already up-to-date: numpy in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (1.16.2)
/opt/miniconda2/bin/conda install -c conda-forge numpy
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
# All requested packages already installed.
Пожалуйста, дайте мне знать, как решить эту проблему.Благодаря.