Используя Mono в Linux, есть ли способ создать автономный исполняемый файл, который будет работать в системах без установленного mono?
Вам следует взглянуть на команду mkbundles . Он может статически связать все необходимые библиотеки и CLR вместе с вашим приложением в один exe.
Также посмотрите эту страницу о различных способах запуска моно-приложений.