Есть ли способ в ggpubr (stat_compare_means) выполнить сравнение t-теста, предполагая равные отклонения (вместо t-теста Уэлча по умолчанию R) - PullRequest
Новая
       7

Есть ли способ в ggpubr (stat_compare_means) выполнить сравнение t-теста, предполагая равные отклонения (вместо t-теста Уэлча по умолчанию R)

0 голосов
/ 15 мая 2019

Я хочу добавить уровень значимости сравнения между двумя независимыми группами, используя stat_compare_means() пакета ggpubr.

При использовании method = "t.test" функция запустит t-тест Уэлча, предполагая, что отклонения не равны.

Если использовать базу R t.test() Я бы добавил var.equal=TRUE, но я не смог найти способ сделать это в ggpubr? 

ggstripchart(dat, x = "Group", error.plot = "errorbar", # Add error bars 
with SD
y = "tcm_cd4", combine = TRUE, color = "Group", size = 7, # Size of 
# shapes.
shape = "Group", # Change shape according to Group
add = c("mean_sd", "mean"),
jitter = 0.2, add.params = list(size = 1.4, color = "darkblue"),
font.label = list(size = 14, face = "bold")) + 
stat_compare_means(method = "t.test", label = "p.format", 
bracket.size = 1, 
tip.length = 0,
comparisons=list(c(1,2), c(1,3), c(2,3)))

Мне нужна функция для запускаt-критерий, предполагающий, что дисперсии равны.

1 Ответ

0 голосов
/ 15 мая 2019

Трудно ответить без данных, но вы пробовали аргумент method.args =? 

+ stat_compare_means(method = "t.test",
                     method.args = list(var.equal = TRUE), 
                     label = "p.format", 
                     bracket.size = 1, 
                     tip.length = 0,
                     comparisons=list(c(1,2), c(1,3), c(2,3)))
...