Хотя это не ясно, похоже, что вы хотите преобразовать строки в один ряд.
paste -sd" " Input_file
Вывод будет следующим.
[get_ports {rdata[*]}] [get_ports {wdata[*]}] [get_ports {axirdata[*]}] [get_ports {raddr[*]}] [get_ports {waddr[*]}] [get_ports en] [get_ports {xyz[*]}] [get_ports err]
РЕДАКТИРОВАТЬ: Поскольку OP изменил выборки ввода и ожидаемого выхода, поэтому добавление следующего решения сейчас.
awk '{gsub(/\] \[/,"]"ORS"[")} 1' Input_file
OR
awk '{gsub(/] /, "]" ORS)} 1' Input_file
Вывод будет следующим.
[get_ports {rdata[*]}]
[get_ports {wdata[*]}]
[get_ports {axirdata[*]}]
[get_ports {raddr[*]}]
[get_ports {waddr[*]}]
[get_ports en]
[get_ports {xyz[*]}]
[get_ports err]