Импорт необработанных подсчетов по сценарию в R
с этими необходимыми пакетами
library(optparse)
library(DESeq2)
Затем пошли дальше:
- полученные имена файлов
- загружен контрольный стол
- экспериментальная таблица загружена
- таблицы объединены
- удалены лишние вещи, чтобы избежать дубликатов
При попытке импортировать необработанные значения возникает следующая ошибка:
Ошибка в match.names (clabs, names (xi)):
имена не совпадают
Предыдущие имена: Звонки: rbind ... eval -> eval -> eval -> rbind -> rbind
-> match.names Дополнительно: предупреждающее сообщение: NA введены по принуждению
Часть кода, где он терпит неудачу, такова:
# importing the raw counts
if (is.null(opt$raw_counts) == FALSE) {
raw_counts_table <- read.table(counts_file, header=FALSE, sep = "\t", quote = "")
raw_counts_table <- data.frame(raw_counts_table,
do.call(rbind, strsplit(as.character(raw_counts_table$V1),'_')))
raw_counts_table$X2 <- as.numeric(as.character(raw_counts_table$X2))
raw_counts_table <- t(raw_counts_table[,c("X2", "V2")])
row.names(raw_counts_table) <- c("SAMPLE","RAW TOTAL")
colnames(raw_counts_table) <- raw_counts_table[1,]
raw_counts_table <- as.data.frame(raw_counts_table)
raw_counts_table <- raw_counts_table[-1,]
# Need to subtract off the total number of annotations
raw_counts_table["ANNOTATION COUNT",] <- colSums(complete_table)
raw_counts_table["OTHER",] <- raw_counts_table[1,] - raw_counts_table[2,]
complete_table <- rbind(complete_table, raw_counts_table["OTHER",])
}
Похоже, имена переменных изменились?
Мне пришлось изменить действительные имена файлов (добавив префикс) в сценарии предыдущего шага, чтобы идти вперед, но теперь, когда я изменил имена файлов обратно на исходные, кажется, обнаруживается несоответствие между файлами?
Я прочитал из других сообщений
В ссылках упоминается, что ошибка возникает, когда два фрейма данных не имеют одинакового имени. Как я мог знать, где именно это несоответствие?
Спасибо!