Perl может быть излишним, но он работает так же хорошо.
Удаляет все пустые строки:
perl -ne 'print if /./' file
Удаляет все строки, которые являются полностью пустыми или содержат только пробелы:
perl -ne 'print if ! /^\s*$/' file
Вариант, который редактирует оригинал и создает файл .bak:
perl -i.bak -ne 'print if ! /^\s*$/' file