CLion генерирует несколько файлов размером ~ 100M preamble-* в стандартном каталоге /tmp.
preamble-*
/tmp
Файлы preamble-* создаются Clang, который используется CLion.
Чтобы изменить каталог, укажите переменную среды TMPDIR=/your/preferred/location при запуске CLion.
TMPDIR=/your/preferred/location