Возможно, вы можете попробовать:
zeros = np.zeros(100)
series.apply(lambda x: x if isinstance(x,np.ndarray) else zeros)
Для примера того, как это выглядит (для ясности используются только векторы длины 2):
series = pd.Series({1:np.array([1,2]), 2: np.nan, 3: np.array([3,4])})
series
1 [1, 2]
2 NaN
3 [3, 4]
dtype: object
zeros = np.zeros(2)
series = series.apply(lambda x: x if isinstance(x,np.ndarray) else zeros)
series
1 [1, 2]
2 [0.0, 0.0]
3 [3, 4]
dtype: object
Если ваши данные находятся в DataFrame, тогда должен работать аналогичный шаблон с applymap:
df = pd.DataFrame({'company_a': {1:np.array([1,2]), 2: np.nan, 3: np.array([3,4])}, 'company_b': {1:np.nan, 2: np.array([9,7]), 3: np.nan}})
df
company_a company_b
1 [1, 2] NaN
2 NaN [9, 7]
3 [3, 4] NaN
zeros = np.zeros(2)
df = df.applymap(lambda x: x if isinstance(x,np.ndarray) else zeros)
df
company_a company_b
1 [1, 2] [0.0, 0.0]
2 [0.0, 0.0] [9, 7]
3 [3, 4] [0.0, 0.0]