Возможно, это не самое элегантное решение, и я не знаю ваших потребностей или контекста, но я бы просто клонировал его снова из того же источника, который вы получили в первый раз, просто без мелкой опции.
Вы сможете работать в нужной вам ветке и, опционально, также вытолкнуть из этого нового репо. И если бы это была необходимость только одного выстрела, вы могли бы впоследствии удалить этот временный клон.