Решение выглядит так
def convert_file(input_dir, filename, output_dir):
filepath = input_dir + '/' + filename
fin = open(filepath, 'rb')
binary_data = fin.read()
new_filepath = output_dir + '/' + filename[:-4] + '.hdf5'
f = h5py.File(new_filepath)
dt = h5py.special_dtype(vlen=np.dtype('uint8'))
dset = f.create_dataset('binary_data', (100, ), dtype=dt)
dset[0] = np.fromstring(binary_data, dtype='uint8')
У меня есть инструмент для этого на
https://github.com/raguiar2/jpg_to_h5