Если вы хотите поместить комплексное значение в массив, массив должен иметь правильный тип dtype для начала:
In [17]: x = np.zeros(3, dtype=complex)
In [18]: x
Out[18]: array([0.+0.j, 0.+0.j, 0.+0.j])
In [19]: x[0] = 1 + np.pi/2*1j
In [20]: x
Out[20]: array([1.+1.57079633j, 0.+0.j , 0.+0.j ])
Или создание комплексного массива из списка значений:
In [21]: np.array([1+np.pi/2*1j, 0, 1, 23j])
Out[21]: array([1. +1.57079633j, 0. +0.j , 1. +0.j , 0.+23.j ])