Тупик в mpich-3.3 но не в других версиях - PullRequest
2 голосов
/ 11 июня 2019

У меня есть следующая программа, которая компилируется и запускается с openmpi и mpich-3.2.1, но при вызове MPI_Waitany с mpich-3.3 появляется тупик. Программа должна выполняться с четным числом рангов, половина из которых отправляет данные во вторую половину через интеркоммуникатор. Это гораздо меньшая версия, чем большая пользовательская программа моделирования, я попытался сделать минимальный пример.

Одна странная вещь заключается в том, что увеличение переменной nwork до 2 приводит к исчезновению тупика.

#include <cstdio>
#include <mpi.h>
#include <vector>

const int endMsg = -1;
const int endTag = 424242;

class Work
{
public:
    Work(const MPI_Comm& comm, const MPI_Comm& interComm, int tag) :
        comm(comm), interComm(interComm), tag(tag)
    {
        MPI_Comm_rank(comm, &rank);
    }

    void waitPrevSend()
    {
        printf("[work %d] waiting for previous message\n", tag);
        MPI_Wait(&sizeReq, MPI_STATUS_IGNORE);
        MPI_Wait(&dataReq, MPI_STATUS_IGNORE);
        sizeReq = MPI_REQUEST_NULL;
        dataReq = MPI_REQUEST_NULL;
    }

    void workAndSend()
    {
        waitPrevSend();
        printf("[work %d] creating data\n", tag);
        data.resize(tag + 42, tag);
        sizeInBytes = data.size();
        MPI_Issend(&sizeInBytes, 1, MPI_INT, rank, 2*tag+0, interComm, &sizeReq);
        MPI_Issend(data.data(), data.size(), MPI_BYTE, rank, 2*tag+1, interComm, &dataReq);
        printf("[work %d] has sent %d bytes of data\n", tag, sizeInBytes);
    }


    MPI_Request wait()
    {
        MPI_Request req;
        printf("[work %d] posted recv of size\n", tag);
        MPI_Irecv(&sizeInBytes, 1, MPI_INT, rank, 2*tag+0, interComm, &req);
        return req;
    }

    void recv()
    {
        data.resize(sizeInBytes);
        MPI_Recv(data.data(), data.size(), MPI_BYTE, rank, 2*tag+1, interComm, MPI_STATUS_IGNORE);
        printf("[work %d] has recved %d bytes of data\n", tag, sizeInBytes);
    }


    MPI_Comm comm, interComm;
    int rank;
    int tag;


    MPI_Request sizeReq {MPI_REQUEST_NULL}, dataReq {MPI_REQUEST_NULL};
    std::vector<char> data;
    int sizeInBytes;
};

class Master
{
public:
    Master(const MPI_Comm& comm, const MPI_Comm& interComm) :
        comm(comm), interComm(interComm)
    {
        MPI_Comm_rank(comm, &rank);
    }

    void run(std::vector<Work>& work, int niter)
    {
        for (int i = 0; i < niter; ++i)
            for (auto& w : work)
                w.workAndSend();
        sendEndMsg();
    }

    void sendEndMsg()
    {
        MPI_Ssend(&endMsg, 1, MPI_INT, rank, endTag, interComm);
    }

    MPI_Comm comm, interComm;
    int rank;
};

class Slave
{
public:
    Slave(const MPI_Comm& comm, const MPI_Comm& interComm) :
        comm(comm), interComm(interComm)
    {
        MPI_Comm_rank(comm, &rank);
    }

    void run(std::vector<Work>& work)
    {
        std::vector<MPI_Request> reqs;
        for (auto& w : work)
            reqs.push_back(w.wait());
        reqs.push_back(recvEndMsg());

        while (true)
        {
            int id;
            MPI_Status status;
            printf("waiting for one of %d requests to complete\n", (int) reqs.size());
            MPI_Waitany(reqs.size(), reqs.data(), &id, &status);

            if (id == (int) reqs.size() - 1)
            {
                for (auto& req : reqs)
                {
                    if (req != MPI_REQUEST_NULL)
                    {
                        MPI_Cancel(&req);
                        MPI_Request_free(&req);
                    }
                }
                return;
            }
            else
            {
                work[id].recv();
                reqs[id] = work[id].wait();
            }
        }
    }

    MPI_Request recvEndMsg()
    {
        MPI_Request req;
        int msg;
        MPI_Irecv(&msg, 1, MPI_INT, rank, endTag, interComm, &req);
        return req;
    }

    MPI_Comm comm, interComm;
    int rank;
};


int main(int argc, char **argv)
{
    MPI_Init(&argc, &argv);

    int rank;
    int size;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);

    if ((size%2) != 0)
        MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1);

    MPI_Comm teamComm, interComm;
    int team = rank % 2;

    MPI_Comm_split(MPI_COMM_WORLD, team, rank, &teamComm);

    const int localLeader  = 0;
    const int remoteLeader = team ? 0 : 1;
    const int tag = 42;
    const int nwork = 1;

    MPI_Intercomm_create(teamComm, localLeader, MPI_COMM_WORLD, remoteLeader, tag, &interComm);

    std::vector<Work> work;
    for (int i = 0; i < nwork; ++i)
        work.emplace_back(Work(teamComm, interComm, i));

    if (team == 0)
    {
        Master master(teamComm, interComm);
        master.run(work, 10);
    }
    else
    {
        Slave slave(teamComm, interComm);
        slave.run(work);
    }

    MPI_Comm_free(&interComm);
    MPI_Comm_free(&teamComm);

    MPI_Finalize();
    return 0;
}
*

1008 Запуск *

mpirun -n 2 -l ./test_intercomm

приводит к тупику только в mpich-3.3. Есть идеи?

EDIT: Я также попытался уменьшить тег остановки до чего-то меньшего, как это предлагалось, того же поведения. Вывод вышеуказанной команды:

[0] [work 0] waiting for previous message
[0] [work 0] creating data
[0] [work 0] has sent 42 bytes of data
[1] [work 0] posted recv of size
[1] waiting for one of 2 requests to complete
[0] [work 0] waiting for previous message

Таким образом, блокировка ранга 1 в waitany и блокировка ранга 0 при ожидании завершения запроса на отправку (вторые - фактические данные, чье recv публикуется только на ранг 1 после того, как оно прошло waitany). Мне кажется, что MPI_Waitany блокирует все.

1 Ответ

2 голосов
/ 11 июня 2019

Это вызвано ошибкой в ​​MPICH v3.3.Это исправлено в коммите 0f7be7196cc05bf0c908761e148628e88d635190 .Применение исправления к v3.3 устраняет взаимоблокировку.

Исправление включено в версию 3.3.1, поэтому вы должны обновить его до этого.

Чтобы получить больше контекста, в сообщении фиксации говорится:

Функции testany и waitany пропускают неактивные или NULL-запросы перед передачей на уровень устройства.Однако способ обнаружения первого ненулевого запроса может ошибочно пропустить первый запрос в массиве.Чтобы исправить это, мы инициализируем первый ненулевой запрос к недопустимому индексу в массиве (число) и устанавливаем на допустимый индекс позже, если он найден.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...