Networkx: рисование параллельных краев

Question

Построить график из кадра данных с кодом ниже:

import pandas as pd
import networkx as nx

df = pd.DataFrame({'id_emp' : [13524791000109, 12053850000137, 4707821000113, 4707821000114, 1],
           'name_emp': ['Cristiano', 'Gaúcho', 'Fenômeno','Angelin', 'Souza'],
           'name_dep': ['Ronaldo','Ronaldo', 'Ronaldo', 'Ronaldo', 'Bruno'],
           'weight_1': [8,9,10,11,12],
           'weight_2':[5,6,7,8,9] })

 G = nx.MultiDiGraph()

 G.add_nodes_from(df['id_emp'], bipartite = 0)
 emp = [v for v in G.nodes if G.nodes[v]['bipartite'] == 0]

 G.add_nodes_from(df['name_dep'], bipartite = 1)
 dep = [v for v in G.nodes if G.nodes[v]['bipartite'] == 1]

 G.add_weighted_edges_from(df[['name_dep', 'id_emp', 'weight_1']].values)
 G.add_weighted_edges_from(df[['id_emp', 'name_dep', 'weight_2']].values)
 edge_width = [a[2]['weight']//2 for a in G.edges(data=True)]

 plt.figure(figsize=(5,5))

 pos = nx.spring_layout(G, k=0.9)
 nx.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=dep, node_color='#bfbf7f', node_shape="h", node_size=300, with_labels = True)
 nx.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=emp, node_color='red', node_size=300, with_labels = True)
 nx.draw_networkx_edges(G, pos, width=edge_width, alpha=0.2)

 plt.axis('off')
 plt.show()

выход:

В показанном примере каждая вершина имеет входное ребро и выходное ребро, которые будут конфигурировать параллельные ребра между двумя вершинами. Однако сеть x строит график так, что ребра перекрывают друг друга, создавая впечатление, что между двумя вершинами есть только одно ребро. Итак, как я могу настроить networkx так, чтобы вывод был похож на изображение ниже?

Answer 1

Networkx не может правильно рисовать параллельные ребра.Если вы хотите нарисовать их, вам нужно создать DOT-файл с помощью Graphviz (Agraph) с функцией write_dot и преобразовать его в изображение позже:

nx.nx_agraph.write_dot(G, path_to_store_dot_file)

Answer 2

Вы также можете использовать graphviz библиотека python.

sudo apt-get install graphviz
pip install graphviz

Я пробовал на ноутбуке Jupyter (который изначально поддерживается)

import pandas as pd
import networkx as nx

df = pd.DataFrame({'id_emp' : [13524791000109, 12053850000137, 4707821000113, 4707821000114, 1],
           'name_emp': ['Cristiano', 'Gaúcho', 'Fenômeno','Angelin', 'Souza'],
           'name_dep': ['Ronaldo','Ronaldo', 'Ronaldo', 'Ronaldo', 'Bruno'],
           'weight_1': [8,9,10,11,12],
           'weight_2':[5,6,7,8,9] })

G = nx.MultiDiGraph()

G.add_nodes_from(df['id_emp'], bipartite = 0)
emp = [v for v in G.nodes if G.nodes[v]['bipartite'] == 0]

G.add_nodes_from(df['name_dep'], bipartite = 1)
dep = [v for v in G.nodes if G.nodes[v]['bipartite'] == 1]

G.add_weighted_edges_from(df[['name_dep', 'id_emp', 'weight_1']].values)
G.add_weighted_edges_from(df[['id_emp', 'name_dep', 'weight_2']].values)
edge_width = [a[2]['weight']//2 for a in G.edges(data=True)]

########################################################################
###########################CODE TO ADD##################################
########################################################################
import graphviz

d = graphviz.Digraph()

for n in dep:
    d.node(str(n), color="#bfbf7f")

for n in emp:
    d.node(str(n), color="red")

for e in G.edges:
    d.edge(str(e[0]), str(e[1]))

d.attr(size='8')

# To display the graph on Jupyter
d

Показывает: