Если вы считаете, что получили его в состояние, в котором хранилище эквивалентного git является правильным, то я бы сделал следующее:
git клонирует преобразованный репозиторий в новый репо(т.е. в новом каталоге на том же ПК)
Удалите оригинал из SourceTree или любого внешнего интерфейса GUI, который вы используете
Откройтеновый из графического интерфейса.Попробуйте что-нибудь, создайте уверенность, что это работает.
Если предыдущий шаг в порядке, удалите (или заархивируйте) оригинал
Еслина самом деле проблема в том, что графический интерфейс пользователя запутан в отношении состояния репозитория git- ne -hg, это может помочь очистить его, а также убедиться, что ваше преобразование работает должным образом.
Примечание- Я на самом деле не мерзавец и не человек SourceTree, поэтому я намеренно оставил вышеупомянутые шаги скорее в описательной, чем в директивной форме.