Пожалуйста, используйте соответствующие примеры данных (не ваши собственные данные, к которым у нас нет доступа)
library(raster)
f <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(f)
pt <- cbind(180000,331000)
plot(r); points(pt)
Вы можете создать экстент, подобный этому
s <- 500
e <- extent(pt[1]-s, pt[1]+s, pt[2]-s, pt[2]+s)
И затем использовать этопостроить так
plot(r, ext=e)
Или вот так
zoom(r, e)
Вы также можете сделать это в интерактивном режиме, нарисовав прямоугольник на графике
plot(r)
zoom(r, drawExtent())
Или
plot(r, xlim=c(pt[1]-s, pt[1]+s), ylim=c(pt[2]-s, pt[2]+s))