Я больше ничего не проверял, просто для случая вашего объединения вы можете попробовать это ...
SELECT ST.code,ST.Plant,ST.STINT,E.code,E.Plant,sum(E.Quantite) AS E_Qte,S.code,S.Plant,S.S_Qte
FROM enter E
INNER JOIN
(SELECT code,Plant,sum(Quantite) As S_Qte FROM sortie group by code,Plant) S ON E.Plant= S.Plant
INNER JOIN
(SELECT code,plant,sum(stockinitiale) AS STINT FROM stockinitiale group by code,Plant) ST on S.Plant=ST.Plant
where date between '2019-05-17' and '2019-05-28' group by E.code,S.code,ST.code,E.Plant,S.Plant,ST.Plant
Хотя было бы лучше, если вы разместите свой ввод и ожидаемый вывод, если этоне работает в вашем случае.