Если я распространю два приложения x и y (под одной учетной записью разработчика), будет ли у пользователя, у которого установлены оба приложения, один и тот же токен для обоих приложений?
Токен регистрации связан с экземпляром приложения - установкой приложения (также упоминается здесь ). Поскольку это два разных приложения, оно должно генерировать разные токены.
С учетом вышесказанного я бы предложил создавать разные проекты для каждого приложения в вашей учетной записи разработчика.