Итак, вы хотите сохранить форму матрицы и просто перемешать строки или получить подмножества матрицы?
Для первого случая я думаю, что алгоритм перестановки из NumPy может быть вашим выбором. Просто создайте перестановку списка индексов, как предлагает Souin.
Для второго случая просто используйте функцию numpy choice (также из случайного модуля) без замены, если я правильно понял ваши потребности.