Насколько я понимаю, вы хотите удалить объект / embed-материал из DOM-дерева, когда оно достигнет конца своей временной шкалы.
Имея это в виду, я бы сказал, что это возможно. Не будучи флеш-гуру, но флеш-память должна вызывать функцию javascript, которая удаляет соответствующий DOM-элемент.