Вы можете загрузить содержимое каждого MAT-файла в переменную, просто используя возвращаемое значение.После этого вы можете обработать две результирующие структуры и объединить матрицы в первом измерении.
tmp1 = load('Argiris1');
tmp2 = load('Argiris2');
merged_wkinet = cat(1, tmp1.Wkinet, tmp2.Wkinet)