Он не меняет таймер (что-то вроде часов), он меняет тайм-аут (который является временем ожидания чего-то).
Документы объясняют это довольно хорошо: в нем четко сказано, что read() операции с сокетом затронуты.
И поскольку это метод экземпляра, он применяется к тому экземпляру Socket, только для которого выполнен вызов.