сначала вы должны визуализировать шаблон с помощью
return render_template( "example.html",message = any_variable)
, а затем вы можете показать всплывающее окно на HTML с помощью сценария Java по
<script>
alert("This is alert box!"); // display string message
alert( {{message}} ); // display python variable
</script>
хотя я рекомендую использовать jinja в качестве шаблона