Если вы хотите сохранить структуру каталогов, используйте один из них (при условии GNU tar):
cpio -pvdm /destination <list.txt
tar -cf - -F list.txt | tar -C /destination -x
В обоих случаях чистым результатом является то, что / destination имеет префикс к именам файлов в list.txt.