Используете ли вы подвыборы в ваших запросах?
Исходя из моего опыта, оператор SELECT с подвыборками, который отлично работает на SQL Server 2000, может сканировать на SQL Server 2005 (он может быть примерно в 10 раз медленнее!).
Проведите эксперимент - перепишите один запрос, чтобы исключить подвыборы и посмотрите, как изменяется его производительность.