Несомненно, есть несколько готовых продуктов, которые вы можете купить (я думаю, что здесь могут пригодиться несколько инструментов RedGate), а также Visual Studio Team Suite - Database Edition.
В свете покупки чего-нибудь, почему бы не рассмотреть возможность использования объектов управления SQL (SMO)?
Я написал несколько утилит, которые генерируют сценарии T-SQL (с использованием класса Scripter), которые производят те же сценарии, которые вы получаете при создании сценариев через SQL Server Management Studio (он использует те же функции).
Вы можете интегрировать такую утилиту в сценарий сборки / процесс сборки, который позволит вам создавать сценарии, а затем создавать версии и проверять их в исходном хранилище. Кроме того, вы можете объединить сценарии в один файл (при желании), который превосходит поддержку сотен отдельных файлов.
Я написал запись в блоге об этом подходе некоторое время назад.
Проверьте больше на SMO класс Scripter
Вот еще несколько записей, которые могут быть полезны:
http://www.sqlteam.com/article/scripting-database-objects-using-smo-updated
http://sqlblog.com/blogs/ben_miller/archive/2007/10/03/table-scripting-with-smo-part-1.aspx