Если вы хотите сделать это с помощью команды symfony, я думаю, вы можете создать свой собственный, который принимает путь к файлу в качестве аргумента, а затем выполняет его с помощью PDO.
$file = $input->getArgument('sql');
$sql = \file_get_contents($file);
$pdo = $this->entityManager->getConnection()->getWrappedConnection();
$pdo->beginTransaction();
try {
$statement = $pdo->prepare($sql);
$statement->execute();
while ($statement->nextRowset()) {}
$pdo->commit();
} catch (\Exception $e) {
$pdo->rollBack();
throw $e;
}