Насколько я знаю, в конструкторе нет встроенных функций для обновления таблицы с изменениями в базе данных.
Существуют сторонние инструменты (http://www.huagati.com/dbmltools/), которые предлагают такую функциональность.
Всякий раз, когда я сталкивался с этой проблемой, она была порядка одного или двух столбцов в таблице с уже настроенными множественными ручными связями, поэтому я просто редактировал XML (щелкните правой кнопкой мыши на DBML и выберите open with -> XML) и добавил столбцы в определение таблицы.
Когда файл DBML сохраняется, связанный файл .designer.cs
автоматически обновляется с кодом для новых добавленных столбцов. Поэтому нет необходимости удалять и заново создавать таблицы в режиме конструктора.