Потому что вы используете то же имя класса, вот пример для изменения второго <ol>
класса для получения индекса.
<div id="main-form">
<ol class="drop_targets">
<ol class="drop_targets1 comments">
<form></form>
<form></form>
<form></form>
Item 1
</ol>
<ol class="drop_targets1 tags">
<form></form>
<form></form>
<form></form>
Item 2
</ol>
</ol>
$('#main-form').find('form').each(function (i,e) {
console.log($('.drop_targets1').index($(e).closest('.drop_targets1')));
});
другому решению не нужноизменить название класса
$('#main-form').find('form').each(function (i,e) {
console.log($($('.drop_targets')[0]).find('.drop_targets').index($(e).closest('.drop_targets')));
});