Основной запрос должен выглядеть следующим образом:
ALTER TABLE `test1`
ADD UNIQUE KEY (`id`),
ADD UNIQUE KEY `code` (`code`),
ADD KEY `other` (`other`);
для отдельных уникальных ключей.
Комбинированный ключ выглядит так:
ALTER TABLE `test2`
ADD UNIQUE KEY `id_code` (`id`, `code`),
ADD KEY `other` (`other`);
(Примечание: код для MySQL, сгенерированный phpmyadmin)