На самом деле нет такой вещи, как тема R Markdown. Различные драйверы вывода имеют темы, но их нельзя использовать в других драйверах вывода.
Драйвер вывода html_document
имеет 14 тем, которые вы можете перечислить с помощью
rmarkdown:::themes()
Веб-страница, которую вы перечислили (http://www.datadreaming.org/post/r-markdown-theme-gallery/), говорит о темах в других пакетах, но эти пакеты предоставляют свои собственные драйверы вывода. Например, prettydoc
имеет 5 тем, но они работают только с prettydoc
драйвер вывода, не с html_document
.