Координаты (x, y) не индекс пикселей, как если бы холст был двумерным массивом.
В этом случае область между линиями сетки делает совпадают с отдельными пикселями, но если мы будем рассматривать холст как растровое изображение, то пиксель - это пространство между линиями сетки.
Чтобы нарисовать пиксель (i, j) с верхним левым углом в (x,y) do
canvas_context.fillRect(x, y, 1, 1);