Консенсусная сеть WGCNA, использующая различные мягкие пороговые мощности

Question

Я пытаюсь создать консенсусную сеть на 2 наборах данных, используя пакет WGCNA на R. У наборов есть различные возможности соединения при той же самой мягкой пороговой мощности.Интересно, как я могу использовать мощность 11 на set1 и мощность 9 на set2 вместо 10 на обоих?Данные хранятся в списке с именем multiExpr

Код указан ниже:

softPower = 10;

adjacencies = array(0, dim = c(nSets, nGenes, nGenes));

for (set in 1:nSets)

adjacencies[set, , ] = abs(cor(multiExpr[[set]]$data, use = "p"))^softPower;

Answer 1

вот один ответ:

softPower = c(9,11)
adjacencies = array(0, dim = c(nSets, nGenes, nGenes))

for (set in 1:nSets){
adjacencies[set, , ] = abs(cor(multiExpr[[set]]$data, use = "p"))^softPower[set]
}