Я столкнулся с аналогичной проблемой с centos, я использовал conda для создания новой среды Python 3, а затем активировал эту среду в Dockerfile,
RUN conda create -n env python=3.6
RUN echo "source activate env" > ~/.bashrc
ENV PATH /opt/conda/envs/env/bin:$PATH
Конечно, вы должны установить condaво-первых, чтобы это работало.
Источник: https://medium.com/@chadlagore/conda-environments-with-docker-82cdc9d25754